La costituzione della raccolta di gessi, formati su originali greci etruschi e romani, si deve al prof. Filippo Magi (Firenze 1905-1986), professore ordinario di Archeologia e Storia dell'arte greca e romana e di Etruscologia e Antichità italiche presso la Facoltà di Lettere e Filosofia dal 1960 al 1975 e negli stessi anni Direttore degli Studi e Ricerche Archeologiche nella Città del Vaticano presso la Direzione Generale dei Monumenti, Musei e Gallerie Pontificie, dove lavorava dal 1935 e di cui fu Direttore incaricato dal 1954 al 1960.
La collezione, nata come "Gabinetto Scientifico" per l'insegnamento dell'archeologia e per lo studio delle opere d'arte antiche, fu inizialmente sistemata al piano terra del cinquecentesco Palazzo Alfani-Manzoni, sede della Facoltà di Lettere e Filosofia. Nel 1970 il Rettore, prof. Giuseppe Ermini, fece completare il recupero del palazzetto cinquecentesco, noto come Palazzo Pontani per lo stemma di questa famiglia di insigni legisti dello studio perugino che vi fu sistemato all'epoca del restauro e abitato nel XX secolo dalla famiglia di Mario Grecchi (medaglia d'oro Ω 1944) e vi sistemò la raccolta.
Il nuovo allestimento della Gipsoteca, dopo gli interventi di restauro, è stato inaugurato in data 18 Maggio 2018. Questa data rappresenta il punto di partenza di numerose e diverse attività culturali che si vogliono realizzare negli spazi limitrofi e di pertinenza della Gipsoteca, quali ad esempio mostre, incontri, concerti, spettacoli teatrali, rassegne cinematografiche e quanto altro saremo capaci di organizzare in collaborazione con Enti ed Associazioni che operano nel territorio regionale e non.
Tutto questo al fine di sottolineare l'impegno dell'Ateneo di Perugia e i suoi musei per lo sviluppo urbano, la valorizzazione del territorio, la co-produzione di conoscenza e la crescita di una comunità regionale attiva che partecipa alla costruzione della sua storia.